1、缺乏稳定的长效投入机制

    田间节水工程投入不足，没有稳定的投入渠道，中央对田间节水灌溉投资规模小，地方和农户的筹资能力不足，田间节水灌溉发展滞后，面积增长缓慢，投入严重不足。

 2、管理主体缺位

    农村实行家庭联产承包责任制以后，兴修的田间节水灌溉工程，由于所有体制与农村土地分户经营的体制矛盾没有解决，维护管理责任很难落实，造成节水灌溉工程，有人用，没人管，老化、损坏严重。

 3、发展不平衡

    近几年，农民用水户协会发展势头良好，对推动民主管理、自主管理发挥了很好的作用。但从全国总体情况看，农民用水户协会发展还很不平衡。部分农民用水户协会的组织机构不完善、组建与运行不规范、运行机制不健全。主要原因是：地方政府对用水户参与管理的认识不足，支持力度不够；法律、法规不健全，缺乏可操作 的配套政策；灌溉设施老化失修，工程配套程度低，运行成本高，协会经费来源不足等问题影响了农民用水合作组织的发展。

4、监督制度不完善

    水资源短缺和不合理的开发利用，引起很多社会、生态问题，目前，不少地方没有节约灌溉用水的政策机制，对地下水水位逐年下降，地下水漏斗逐年扩大等水资源恶化问题，缺乏有效的监测、控制手段。对节水灌溉设备生产检测、销售环节监控薄弱，造成产品质量下降，工程不能良性运行。

5、节水相关政策不配套 

    节水政策不完善，缺乏对农民节水和用水户节水的激励机制和配套政策，影响节水灌溉系统效益的发挥。

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